Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Markus\", \"name\": \"Schlegel\", 
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Markus\", \"name\": \"Schlegel\", 
            
3
\"email\": \"markus.schlegel@wsl.ch\", \"data_credit\": 
3
\"email\": \"markus.schlegel@wsl.ch\", \"data_credit\": 
            
4
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
4
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
            
5
\"publication\", \"supervision\"], \"identifier\": 
5
\"publication\", \"supervision\"], \"identifier\": 
            
6
\"0000-0003-3453-4783\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
6
\"0000-0003-3453-4783\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
            
7
\"Artemis\", \"name\": \"Treindl\", \"email\": 
7
\"Artemis\", \"name\": \"Treindl\", \"email\": 
            
8
\"artemis.treindl@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"validation\", 
8
\"artemis.treindl@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"validation\", 
            
9
\"publication\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, 
9
\"publication\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, 
            
10
{\"given_name\": \"Jenny\", \"name\": \"Panziera\", \"email\": 
10
{\"given_name\": \"Jenny\", \"name\": \"Panziera\", \"email\": 
            
11
\"jenny.panziera@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"publication\", 
11
\"jenny.panziera@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"publication\", 
            
12
\"curation\", \"collection\", \"validation\"], \"identifier\": \"\", 
12
\"curation\", \"collection\", \"validation\"], \"identifier\": \"\", 
            
13
\"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": \"Veronika\", \"name\": 
13
\"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": \"Veronika\", \"name\": 
            
14
\"Zengerer\", \"email\": \"veronika.zengerer@wsl.ch\", 
14
\"Zengerer\", \"email\": \"veronika.zengerer@wsl.ch\", 
            
15
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
15
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
            
16
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
16
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
            
17
\"Deborah\", \"name\": \"Zani\", \"email\": \"deborah.zani@wsl.ch\", 
17
\"Deborah\", \"name\": \"Zani\", \"email\": \"deborah.zani@wsl.ch\", 
            
18
\"data_credit\": [\"validation\", \"software\", \"publication\"], 
18
\"data_credit\": [\"validation\", \"software\", \"publication\"], 
            
19
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
19
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": 
            
20
\"Jonas\", \"name\": \"Br\\u00e4nnhage\", \"email\": 
20
\"Jonas\", \"name\": \"Br\\u00e4nnhage\", \"email\": 
            
21
\"jonas.braennhage@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"collection\", 
21
\"jonas.braennhage@wsl.ch\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
22
\"validation\", \"publication\"], \"identifier\": \"\", 
22
\"validation\", \"publication\"], \"identifier\": \"\", 
            
23
\"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": \"Andrin\", \"name\": 
23
\"affiliation\": \"WSL\"}, {\"given_name\": \"Andrin\", \"name\": 
            
24
\"Gross\", \"email\": \"andrin.gross@wsl.ch\", \"data_credit\": 
24
\"Gross\", \"email\": \"andrin.gross@wsl.ch\", \"data_credit\": 
            
25
[\"collection\", \"validation\", \"publication\", \"supervision\"], 
25
[\"collection\", \"validation\", \"publication\", \"supervision\"], 
            
26
\"identifier\": \"0000-0002-2489-8105\", \"affiliation\": \"WSL\"}]",
26
\"identifier\": \"0000-0002-2489-8105\", \"affiliation\": \"WSL\"}]",
            
27
  "author_email": null,
27
  "author_email": null,
            
28
  "creator_user_id": "141eecba-cfa0-435a-abe3-dbfe05201c21",
28
  "creator_user_id": "141eecba-cfa0-435a-abe3-dbfe05201c21",
            
29
  "date": "[{\"date\": \"2018-10-05\", \"date_type\": \"created\", 
29
  "date": "[{\"date\": \"2018-10-05\", \"date_type\": \"created\", 
            
30
\"end_date\": \"2019-11-12\"}, {\"date\": \"2018-10-05\", 
30
\"end_date\": \"2019-11-12\"}, {\"date\": \"2018-10-05\", 
            
31
\"date_type\": \"collected\", \"end_date\": \"2019-11-12\"}]",
31
\"date_type\": \"collected\", \"end_date\": \"2019-11-12\"}]",
            
32
  "doi": "10.16904/envidat.434",
32
  "doi": "10.16904/envidat.434",
            
33
  "funding": "[{\"grant_number\": \"16.0100.PJ / R203-0209\", 
33
  "funding": "[{\"grant_number\": \"16.0100.PJ / R203-0209\", 
            
34
\"institution\": \"Swiss Federal Office for the Environment\", 
34
\"institution\": \"Swiss Federal Office for the Environment\", 
            
35
\"institution_url\": \"https://www.bafu.admin.ch\"}]",
35
\"institution_url\": \"https://www.bafu.admin.ch\"}]",
            
36
  "groups": [],
36
  "groups": [],
            
37
  "id": "5ecb89e0-7abf-42ce-b210-24dcdee781d9",
37
  "id": "5ecb89e0-7abf-42ce-b210-24dcdee781d9",
            
38
  "isopen": true,
38
  "isopen": true,
            
39
  "language": "en",
39
  "language": "en",
            
40
  "license_id": "cc-by-sa",
40
  "license_id": "cc-by-sa",
            
41
  "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 
41
  "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 
            
42
(CC-BY-SA)",
42
(CC-BY-SA)",
            
43
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
43
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
            
44
  "maintainer": 
44
  "maintainer": 
            
45
s.schlegel@wsl.ch\",\"given_name\":\"Markus\",\"name\":\"Schlegel\"}",
45
s.schlegel@wsl.ch\",\"given_name\":\"Markus\",\"name\":\"Schlegel\"}",
            
46
  "maintainer_email": null,
46
  "maintainer_email": null,
            
47
  "metadata_created": "2023-10-02T16:33:37.182679",
47
  "metadata_created": "2023-10-02T16:33:37.182679",
            
n
48
  "metadata_modified": "2024-02-20T14:46:31.173858",
n
48
  "metadata_modified": "2024-02-20T14:48:56.682680",
            
49
  "name": 
49
  "name": 
            
50
nformation-for-case-study-on-the-application-of-spore-sampling-for-t",
50
nformation-for-case-study-on-the-application-of-spore-sampling-for-t",
            
51
  "notes": "Resources associated with the manuscript *A case study on 
51
  "notes": "Resources associated with the manuscript *A case study on 
            
52
the application of spore sampling for the monitoring of macrofungi* 
52
the application of spore sampling for the monitoring of macrofungi* 
            
53
(Schlegel et al. 2023; 
53
(Schlegel et al. 2023; 
            
54
https://doi.org/10.1111/1755-0998.13941).\n\nAirborne environmental 
54
https://doi.org/10.1111/1755-0998.13941).\n\nAirborne environmental 
            
55
DNA (eDNA) monitoring of fungi was evaluated on a species-rich 
55
DNA (eDNA) monitoring of fungi was evaluated on a species-rich 
            
56
grassland site. Extensive fruiting body surveys yielded 29 waxcap and 
56
grassland site. Extensive fruiting body surveys yielded 29 waxcap and 
            
57
clavarioid species, 19 of which were also detectable in air eDNA. The 
57
clavarioid species, 19 of which were also detectable in air eDNA. The 
            
58
analysis indicates that spores of locally occurring fruiting bodies 
58
analysis indicates that spores of locally occurring fruiting bodies 
            
59
were detected, in addition to a large diversity of common fungal 
59
were detected, in addition to a large diversity of common fungal 
            
n
60
species, while rare and threatened species were underrepresented in 
n
60
species, while rare and threatened species were under-represented in 
            
61
the air.\n\nThe contents of the dataset (ZIP archive):\n\n* All 
61
the air.\n\nThe contents of the dataset (ZIP archive):\n\n* All 
            
62
analysis scripts in [R-Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com) 
62
analysis scripts in [R-Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com) 
            
63
format, including the rendered PDF output with figures and tables 
63
format, including the rendered PDF output with figures and tables 
            
64
(*analysis* directory)\n* eDNA sample metadata (*amplicon_meta*) and 
64
(*analysis* directory)\n* eDNA sample metadata (*amplicon_meta*) and 
            
65
results of the amplicon clustering (*amplicon_data*) and the source 
65
results of the amplicon clustering (*amplicon_data*) and the source 
            
66
code of the pipeline (*amplicon_pipeline*)\n* positions of all 
66
code of the pipeline (*amplicon_pipeline*)\n* positions of all 
            
67
fruiting body groups found in the surveys (3838 GPS points) 
67
fruiting body groups found in the surveys (3838 GPS points) 
            
68
(*surveys*)\n* positions of the spore traps, taxonomy of studied 
68
(*surveys*)\n* positions of the spore traps, taxonomy of studied 
            
69
grassland fungi and red-list species, and many more 
69
grassland fungi and red-list species, and many more 
            
t
70
resources\n\nPlease refer to `README.pdf` inside the archive for a 
t
70
resources\n\nVersion 1 was submitted during the review phase. Version 
            
71
complete description of the file structure and information on how to 
71
2 contains minor changes and clarifications, and was used to generate 
            
72
reproduce the analyses.",
72
the currently published supplement of the study.\n\nPlease refer to 
            
73
`README.pdf` inside the archive for a complete description of the file 
            
74
structure and information on how to reproduce the analyses.",
            
73
  "num_resources": 1,
75
  "num_resources": 1,
            
74
  "num_tags": 5,
76
  "num_tags": 5,
            
75
  "organization": {
77
  "organization": {
            
76
    "approval_status": "approved",
78
    "approval_status": "approved",
            
77
    "created": "2018-05-18T09:12:30.577470",
79
    "created": "2018-05-18T09:12:30.577470",
            
78
    "description": "We study the relationship between threatened 
80
    "description": "We study the relationship between threatened 
            
79
species and their habitat with the objective to develop evidence-based 
81
species and their habitat with the objective to develop evidence-based 
            
80
instruments for conservation. The viability of populations of habitat 
82
instruments for conservation. The viability of populations of habitat 
            
81
specialists is often limited due to restricted availability of 
83
specialists is often limited due to restricted availability of 
            
82
suitable habitat or discontinuous distribution. We focus on selected 
84
suitable habitat or discontinuous distribution. We focus on selected 
            
83
animal species of conservation concern (forest birds, bats, forest 
85
animal species of conservation concern (forest birds, bats, forest 
            
84
insects) and analyse species-habitat relationships at a scale ranging 
86
insects) and analyse species-habitat relationships at a scale ranging 
            
85
from single subpopulations to entire metapopulations. We strive 
87
from single subpopulations to entire metapopulations. We strive 
            
86
towards standardised recording of elusive species with novel 
88
towards standardised recording of elusive species with novel 
            
87
techniques, assessing environmental variables and combining these 
89
techniques, assessing environmental variables and combining these 
            
88
field data with data from remote sensing. We determine limiting 
90
field data with data from remote sensing. We determine limiting 
            
89
factors (habitat, climate, resources) and predict species occurrence 
91
factors (habitat, climate, resources) and predict species occurrence 
            
90
and habitat suitability with modelling techniques.\r\n\r\nThese models 
92
and habitat suitability with modelling techniques.\r\n\r\nThese models 
            
91
allow to predict species occurrence patterns and to delineate 
93
allow to predict species occurrence patterns and to delineate 
            
92
evidence-based priority areas for conservation. Our long-term 
94
evidence-based priority areas for conservation. Our long-term 
            
93
collaboration with federal and cantonal stakeholders of forest and 
95
collaboration with federal and cantonal stakeholders of forest and 
            
94
nature conservation enables the combination of research results with 
96
nature conservation enables the combination of research results with 
            
95
conservation requirements (e.g. species action plans, forest 
97
conservation requirements (e.g. species action plans, forest 
            
96
biodiversity expert panel, scientific counsel for bat protection). 
98
biodiversity expert panel, scientific counsel for bat protection). 
            
97
While we investigate complete distribution ranges in bats, we focus on 
99
While we investigate complete distribution ranges in bats, we focus on 
            
98
forest habitats in birds and insects given the large extent and high 
100
forest habitats in birds and insects given the large extent and high 
            
99
importance of forests for biodiversity conservation in Switzerland.",
101
importance of forests for biodiversity conservation in Switzerland.",
            
100
    "id": "32672ec5-c180-471e-92f7-ef58e00eb1fb",
102
    "id": "32672ec5-c180-471e-92f7-ef58e00eb1fb",
            
101
    "image_url": "2018-07-10-090115.162284LogoWSL.svg",
103
    "image_url": "2018-07-10-090115.162284LogoWSL.svg",
            
102
    "is_organization": true,
104
    "is_organization": true,
            
103
    "name": "conservation-biology",
105
    "name": "conservation-biology",
            
104
    "state": "active",
106
    "state": "active",
            
105
    "title": "Conservation Biology",
107
    "title": "Conservation Biology",
            
106
    "type": "organization"
108
    "type": "organization"
            
107
  },
109
  },
            
108
  "owner_org": "32672ec5-c180-471e-92f7-ef58e00eb1fb",
110
  "owner_org": "32672ec5-c180-471e-92f7-ef58e00eb1fb",
            
109
  "private": false,
111
  "private": false,
            
110
  "publication": "{\"publication_year\": \"2023\", \"publisher\": 
112
  "publication": "{\"publication_year\": \"2023\", \"publisher\": 
            
111
\"EnviDat\"}",
113
\"EnviDat\"}",
            
112
  "publication_state": "published",
114
  "publication_state": "published",
            
113
  "related_datasets": "* [ITS barcode sequences of studied grassland 
115
  "related_datasets": "* [ITS barcode sequences of studied grassland 
            
114
ps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=OP538697%3AOP538830%5Baccn%5D) 
116
ps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=OP538697%3AOP538830%5Baccn%5D) 
            
115
(GenBank accessions OP538697-OP538830)\r\n* [raw sequencing data for 
117
(GenBank accessions OP538697-OP538830)\r\n* [raw sequencing data for 
            
116
this study](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA994926) (NCBI 
118
this study](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA994926) (NCBI 
            
117
BioProject PRJNA994926)",
119
BioProject PRJNA994926)",
            
118
  "related_publications": "",
120
  "related_publications": "",
            
119
  "relationships_as_object": [],
121
  "relationships_as_object": [],
            
120
  "relationships_as_subject": [],
122
  "relationships_as_subject": [],
            
121
  "resource_type": "dataset",
123
  "resource_type": "dataset",
            
122
  "resource_type_general": "dataset",
124
  "resource_type_general": "dataset",
            
123
  "resources": [
125
  "resources": [
            
124
    {
126
    {
            
125
      "cache_last_updated": null,
127
      "cache_last_updated": null,
            
126
      "cache_url": null,
128
      "cache_url": null,
            
127
      "created": "2023-10-03T09:33:24.248776",
129
      "created": "2023-10-03T09:33:24.248776",
            
128
      "description": "This ZIP archive contains the data and source 
130
      "description": "This ZIP archive contains the data and source 
            
129
code necessary to reproduce the analyses for the manuscript \"A case 
131
code necessary to reproduce the analyses for the manuscript \"A case 
            
130
study on the application of spore sampling for the monitoring of 
132
study on the application of spore sampling for the monitoring of 
            
131
fungi\". Please refer to README.pdf inside the archive for more 
133
fungi\". Please refer to README.pdf inside the archive for more 
            
132
information.",
134
information.",
            
133
      "doi": "",
135
      "doi": "",
            
134
      "format": "ZIP",
136
      "format": "ZIP",
            
135
      "hash": "",
137
      "hash": "",
            
136
      "id": "9ac066a9-e65a-4bf9-937e-a43f6aae41e3",
138
      "id": "9ac066a9-e65a-4bf9-937e-a43f6aae41e3",
            
137
      "last_modified": "2023-10-03T14:01:32.101000",
139
      "last_modified": "2023-10-03T14:01:32.101000",
            
138
      "metadata_modified": "2023-10-03T12:01:32.868693",
140
      "metadata_modified": "2023-10-03T12:01:32.868693",
            
139
      "mimetype": "application/zip",
141
      "mimetype": "application/zip",
            
140
      "mimetype_inner": null,
142
      "mimetype_inner": null,
            
141
      "name": "Data files and analysis scripts (Version 1)",
143
      "name": "Data files and analysis scripts (Version 1)",
            
142
      "package_id": "5ecb89e0-7abf-42ce-b210-24dcdee781d9",
144
      "package_id": "5ecb89e0-7abf-42ce-b210-24dcdee781d9",
            
143
      "position": 0,
145
      "position": 0,
            
144
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
146
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
            
145
      "resource_type": null,
147
      "resource_type": null,
            
146
      "restricted": 
148
      "restricted": 
            
147
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
149
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
            
148
      "size": 29336906,
150
      "size": 29336906,
            
149
      "state": "active",
151
      "state": "active",
            
150
      "url": 
152
      "url": 
            
151
/resource/9ac066a9-e65a-4bf9-937e-a43f6aae41e3/download/suppinfo.zip",
153
/resource/9ac066a9-e65a-4bf9-937e-a43f6aae41e3/download/suppinfo.zip",
            
152
      "url_type": "upload"
154
      "url_type": "upload"
            
153
    }
155
    }
            
154
  ],
156
  ],
            
155
  "spatial": 
157
  "spatial": 
            
156
mation-for-case-study-on-the-application-of-spore-sampling-for-t\"}}",
158
mation-for-case-study-on-the-application-of-spore-sampling-for-t\"}}",
            
157
  "spatial_info": "Switzerland",
159
  "spatial_info": "Switzerland",
            
158
  "state": "active",
160
  "state": "active",
            
159
  "subtitle": "",
161
  "subtitle": "",
            
160
  "tags": [
162
  "tags": [
            
161
    {
163
    {
            
162
      "display_name": "AIR SAMPLING",
164
      "display_name": "AIR SAMPLING",
            
163
      "id": "95a28d6c-b86c-4eb4-ba62-459765611cea",
165
      "id": "95a28d6c-b86c-4eb4-ba62-459765611cea",
            
164
      "name": "AIR SAMPLING",
166
      "name": "AIR SAMPLING",
            
165
      "state": "active",
167
      "state": "active",
            
166
      "vocabulary_id": null
168
      "vocabulary_id": null
            
167
    },
169
    },
            
168
    {
170
    {
            
169
      "display_name": "EDNA",
171
      "display_name": "EDNA",
            
170
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
172
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
            
171
      "name": "EDNA",
173
      "name": "EDNA",
            
172
      "state": "active",
174
      "state": "active",
            
173
      "vocabulary_id": null
175
      "vocabulary_id": null
            
174
    },
176
    },
            
175
    {
177
    {
            
176
      "display_name": "METABARCODING",
178
      "display_name": "METABARCODING",
            
177
      "id": "00af76c6-a1b0-407c-a7f3-898398363cfc",
179
      "id": "00af76c6-a1b0-407c-a7f3-898398363cfc",
            
178
      "name": "METABARCODING",
180
      "name": "METABARCODING",
            
179
      "state": "active",
181
      "state": "active",
            
180
      "vocabulary_id": null
182
      "vocabulary_id": null
            
181
    },
183
    },
            
182
    {
184
    {
            
183
      "display_name": "MONITORING",
185
      "display_name": "MONITORING",
            
184
      "id": "c5b72e0c-e21f-4255-bfac-78d7688e0307",
186
      "id": "c5b72e0c-e21f-4255-bfac-78d7688e0307",
            
185
      "name": "MONITORING",
187
      "name": "MONITORING",
            
186
      "state": "active",
188
      "state": "active",
            
187
      "vocabulary_id": null
189
      "vocabulary_id": null
            
188
    },
190
    },
            
189
    {
191
    {
            
190
      "display_name": "SPORE DISPERSAL",
192
      "display_name": "SPORE DISPERSAL",
            
191
      "id": "eb753e9f-5df4-4c3a-ab60-778104acc9ae",
193
      "id": "eb753e9f-5df4-4c3a-ab60-778104acc9ae",
            
192
      "name": "SPORE DISPERSAL",
194
      "name": "SPORE DISPERSAL",
            
193
      "state": "active",
195
      "state": "active",
            
194
      "vocabulary_id": null
196
      "vocabulary_id": null
            
195
    }
197
    }
            
196
  ],
198
  ],
            
197
  "title": "Supporting information for case study on the application 
199
  "title": "Supporting information for case study on the application 
            
198
of spore sampling for the monitoring of macrofungi",
200
of spore sampling for the monitoring of macrofungi",
            
199
  "type": "dataset",
201
  "type": "dataset",
            
200
  "url": null,
202
  "url": null,
            
201
  "version": "1.0"
203
  "version": "1.0"
            
202
}
204
}